En 1990 se creó la Unidad de Cirugía Mayor Ambulatoria dependiente del Servicio pero ubicada en el Hospital de San Juan de Dios, pionera a nivel nacional en este tipo de cirugía, y dirigida, hasta la fecha, por el Dr. Don Juan García Martos.
Tras la Jubilación del Dr. Checa Ceballos en 1999, accede a la Jefatura de Servicioel
Dr. José Antonio Ferrón Orihuela, puesto que ocupa en la actualidad.
Siguiendo las tendencias de otros servicios quirúrgicos, la organización asistencial fue dividida en Secciones específicas (coloproctología, hepatobiliopancreática, esofagogástrica, endocrinológica, urgencias y cirugía mayor ambulatoria) con la finalidad de aumentar la especialización del Servicio, disminuir la variabilidad clínica y optimizar los resultados. El 12 de Abril de 2002 se realizó el primer trasplante hepático, lo que supuso la culminación a largos años de trabajo y preparación por parte de todos los miembros del Servicio de Cirugia, así como un hito en la actividad asistencial del Hospital Virgen de las Nieves. Actualmente, el Servicio de Cirugía está fuertemente comprometido tanto con la Docencia como con las Investigación, donde está desarrollando una importante actividad.
Hoy en día, el Servicio de Cirugía General y del Aparato Digestivo es un servicio renovado, dinámico y moderno. Dispone de un amplia cartera de servicios adaptada a las demandas y necesidades sociales, dotado con las últimas tecnologías e integrado por unos profesionales altamente cualificados y en constante proceso de formación.